Fakultas Kedokteran mencakup  Program Studi Pendidikan Dokter, Program Studi Ilmu Keperawatan, dan Program Studi Kebidanan didirikan melalui SK DIKTI Nomor 1504/ DIKTI/Kep/1996 tanggal 23 Oktober 1996, Program Studi Pendidikan Dokter beralamat di jalan Blang Bintang Lama KM 8,5 Gampong Lampoh Keude Kabupaten Aceh Besar dibawah naungan Fakultas Kedokteran Universitas Abulyatama, sejak tahun 2007 sampai dengan tahun 2016 Program Studi Pendidikan Dokter salah satu visinya menjadikan lulusan dokter yang memiliki kompetensi dibidang Kedokteran Komunitas, namun tantangan dan hambatan untuk mencapai tujuan masih banyak kedala yang dihadapi seperti:

  1. Provinsi Aceh memiliki sejarah konflik dari tahun 1976 sampai dengan tahun 2005.Konflik yang berkepanjangan berpengaruh pada tatanan hidup masyarakat Aceh termasuk dalam bidang pendidikan. Fakultas Kedokteran Universitas Abulyatama berada di wilayah zona merah konflik, sehingga proses pendidikan dan pembelajaran mengalami kendala.
  2. Keterbatasan untukmemenuhi Sumber Daya Manusia (SDM) yang berjenjang S2 atau spesialis berdasarkan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012masih belum cukup.
  3. Selain itu, bencana tsunami Aceh tahun 2004 turut memberikan efek negatif pada proses pembelajaran dan juga pemenuhan SDM.